Тут мы создаём организации согласно сюжету или вы согласно желанию. Есть несколько типов:

Организация типа "Акацуки" - Преступная организация с ровным количеством участиников. В ней присутствует одинаковая униформа и ещё один символ типа колец. Такие организации часто ищут что-то сильное и с помощью общей техники забирают это себе.  В таком типе обычно все работат парами, кроме шпионов.  Здесь принимают участия нукэнины, преступники ранга S и элита преступного мира.

Негативная организация - обычный тип организации. В таком типе присутствуют Лидер, приблежённые и пешки. Обычно тут принимают участие нукэнины, отшельники, неудачники и чокнутые.

Позитивная организация - обычный тип организации, борющаяся со силами зла. Такие организации воюют с негативными организациими и организациими типа "Акацуки".  Здесь принимают участие нидзя любого типа.

Секта - В этом типе берёт вверх божество. Они тоже борются со злом, но зло у них другое понятие. У них постоянно странные ритуалы, жертвоприношения и молитвы. Все участники носят кулоны со знаком своего бога. Здесь принимают участие чокнутые фанатики, сумашедшие, бывшие монахи и изгнаные из деревни.

Нейтральная организация - обыкновенная организация, которую обычно создают Каге, обьединяя несколько войнов из разных деревень. Здесь принимают участие все, кто не вошёл в другие типы организаций.